:Exemples de réponses Jmol (première ligne du deuxième champ de answer)
:Syntaxe,Explications

:atomno=1 
l'atome numéro 1
:({1})
l'atome numéro 2 (attention au décalage de 1).
:atomno=1 or atomno=2 or atomno=5
les atomes 1, 2 et 5
:({0 1 4})
les atomes 1, 2 et 5 (attention au décalage de 1).
:({0 1 4:7})
les atomes 1, 2 et les atomes de 5 à 8 (attention au décalage de 1).
:_C
tous les atomes de carbone (on peut aussi mettre carbon ou utiliser le numéro atomique elemno=6)
:connected(2)
tous les atomes ayant deux liaisons (quelque soit le type de liaisons)
:connected(2,4)
tous les atomes ayant entre 2 et 4 liaisons (quelque soit le type de liaisons)
:connected(double)
tous les atomes ayant une liaison double (on peut aussi mettre single, triple ou aromatic)
:connected(atomno=5)
tous les atomes connectés à l'atome numéro 5
:connected(2,nitrogen)
tous les atomes connectés exactement à deux atomes d'azote (ils peuvent être connectés à d'autres types d'atomes)
:within(2.1,atomno=4)
tous les atomes à une distance de moins de 2.1 Å de l'atome numéro 4
:within(2.1,plane,@{plane({atomno=3},{atomno=4},{atomno=5})})
tous les atomes à moins de 2.1 Å du plan défini par les atomes numéro 3, 4 et 5 (attention, il s'agit d'une mesure algébrique)
:within(2.1,plane,@{plane({atomno=3},{atomno=4},{atomno=5})}) or within(-2.1,plane,@{plane({atomno=3},{atomno=4},{atomno=5})})
tous les atomes à moins de 2.1 Å du plan défini par les atomes numéro 3, 4 et 5.