
skbio.alignment.TabularMSA
==========================







   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   

   

   
      
   

   

   
      
   

   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   

   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   

   

   

   

   
      
   

   

   

   
      
   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   

   








   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   





   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   

   
      
         
      
   





   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   

   
      
   





.. currentmodule:: skbio.alignment

.. autoclass:: TabularMSA




   
   
   .. rubric:: Attributes

   .. autosummary::
   
      ~TabularMSA.default_write_format
      ~TabularMSA.dtype
      ~TabularMSA.iloc
      ~TabularMSA.index
      ~TabularMSA.loc
      ~TabularMSA.shape
   

   
   .. rubric:: Attributes (inherited)

   .. autoinherit::
   
      ~TabularMSA.metadata
      ~TabularMSA.positional_metadata
   
   

   
   
   .. rubric:: Methods

   .. autosummary::
      :toctree:
   
      ~TabularMSA.append
   
      ~TabularMSA.consensus
   
      ~TabularMSA.conservation
   
      ~TabularMSA.extend
   
      ~TabularMSA.from_dict
   
      ~TabularMSA.from_path_seqs
   
      ~TabularMSA.gap_frequencies
   
      ~TabularMSA.iter_positions
   
      ~TabularMSA.join
   
      ~TabularMSA.read
   
      ~TabularMSA.reassign_index
   
      ~TabularMSA.sort
   
      ~TabularMSA.to_dict
   
      ~TabularMSA.write
   
   

   
   .. rubric:: Methods (inherited)

   .. autoinherit::
      ~TabularMSA.has_metadata
      ~TabularMSA.has_positional_metadata
   
   

   
   
   .. rubric:: Special methods

   .. autosummary::
   
      ~TabularMSA.__bool__
      ~TabularMSA.__contains__
      ~TabularMSA.__copy__
      ~TabularMSA.__deepcopy__
      ~TabularMSA.__eq__
      ~TabularMSA.__getitem__
      ~TabularMSA.__iter__
      ~TabularMSA.__len__
      ~TabularMSA.__ne__
      ~TabularMSA.__reversed__
      ~TabularMSA.__str__
   

   
   .. rubric:: Special methods (inherited)

   .. autoinherit::
   
      ~TabularMSA.__ge__
      ~TabularMSA.__getstate__
      ~TabularMSA.__gt__
      ~TabularMSA.__le__
      ~TabularMSA.__lt__
   
   




   
   .. rubric:: Details

   
   
   .. autoattribute:: TabularMSA.default_write_format
   
   
   
   .. autoattribute:: TabularMSA.dtype
   
   
   
   .. autoattribute:: TabularMSA.iloc
   
   
   
   .. autoattribute:: TabularMSA.index
   
   
   
   .. autoattribute:: TabularMSA.loc
   
   
   
   .. autoattribute:: TabularMSA.shape
   
   

   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__bool__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__contains__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__copy__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__deepcopy__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__eq__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__getitem__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__iter__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__len__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__ne__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__reversed__
   
   
   
   .. automethod:: TabularMSA.__str__
   
   
   