# Pybliographer-Handbuch V2.7

Pybliographer ist ein Werkzeug zur Verwaltung bibliografischer Datenbanken. Es kann zum Suchen, Bearbeiten, Neuformatieren usw. verwendet werden.

2003-2010
Zoltán Kóta
1999-2010
Frédéric Gobry
2010
Mario Blättermann (mariobl@gnome.org)

Das vorliegende Dokument kann gemäß den Bedingungen der GNU Free Documentation License (GFDL), Version 1.1 oder jeder späteren, von der Free Software Foundation veröffentlichten Version ohne unveränderbare Abschnitte sowie ohne Texte auf dem vorderen und hinteren Buchdeckel kopiert, verteilt und/oder modifiziert werden. Eine Kopie der GFDL finden Sie unter diesem Link oder in der mit diesem Handbuch gelieferten Datei COPYING-DOCS.

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Viele der Namen, die von Unternehmen verwendet werden, um ihre Produkte und Dienstleistungen von anderen zu unterscheiden, sind eingetragene Warenzeichen. An den Stellen, an denen diese Namen in einer GNOME-Dokumentation erscheinen, werden die Namen in Großbuchstaben oder mit einem großen Anfangsbuchstaben geschrieben, wenn das GNOME-Dokumentationsprojekt auf diese Warenzeichen hingewiesen wird.

DAS DOKUMENT UND MODIFIZIERTE VERSIONEN DES DOKUMENTS WERDEN GEMÄSS DEN BEDINGUNGEN DER GNU FREE DOCUMENTATION LICENSE MIT DER FOLGENDEN VEREINBARUNG BEREITGESTELLT:

1. DAS DOKUMENT WIRD »WIE VORLIEGEND« GELIEFERT, OHNE JEGLICHE GEWÄHRLEISTUNG, WEDER AUSDRÜCKLICH NOCH STILLSCHWEIGEND, EINSCHLIESSLICH, ABER NICHT BESCHRÄNKT AUF, GEWÄHRLEISTUNGEN, DASS DAS DOKUMENT ODER EINE MODIFIZIERTE VERSION DES DOKUMENTS FREI VON HANDELSÜBLICHEN FEHLERN UND FÜR EINEN BESTIMMTEN ZWECK GEEIGNET IST UND KEINE RECHTE DRITTER VERLETZT. JEGLICHES RISIKO IN BEZUG AUF DIE QUALITÄT, GENAUIGKEIT UND LEISTUNG DES DOKUMENTS ODER EINER MODIFIZIERTEN VERSION DES DOKUMENTS TRAGEN SIE. SOLLTE SICH EIN DOKUMENT ODER EINE MODIFIZIERTE VERSION DAVON IN IRGENDEINER WEISE ALS FEHLERHAFT ERWEISEN, TRAGEN SIE (NICHT DER URSPRÜNGLICHE VERFASSER, AUTOR ODER EIN MITWIRKENDER) DIE KOSTEN FÜR JEGLICHE ERFORDERLICHE SERVICE-, REPARATUR- UND KORREKTURMASSNAHMEN: DIESE BESCHRÄNKUNG DER GEWÄHRLEISTUNG IST WESENTLICHER BESTANDTEIL DIESER LIZENZ. JEDE VERWENDUNG EINES DOKUMENTS ODER EINER MODIFIZIERTEN VERSION DES DOKUMENTS UNTERLIEGT DIESER BESCHRÄNKUNG; UND

2. UNTER KEINEN UMSTÄNDEN UND GEMÄSS KEINER RECHTSLEHRE, WEDER AUFGRUND VON UNERLAUBTEN HANDLUNGEN (EINSCHLIESSLICH FAHRLÄSSIGKEIT), VERTRÄGEN ODER SONSTIGEM, KANN DER AUTOR, DER URSPRÜNGLICHE VERFASSER, EIN MITWIRKENDER ODER EIN VERTEILER DES DOKUMENTS ODER EINER MODIFIZIERTEN VERSION DES DOKUMENTS ODER EIN LIEFERANT EINER DIESER PARTEIEN VON EINER PERSON FÜR DIREKTE, INDIREKTE, BESONDERE, ZUFÄLLIGE ODER ALS FOLGE AUFGETRETENE SCHÄDEN IRGENDEINER ART, EINSCHLIESSLICH, ABER NICHT BESCHRÄNKT AUF, SCHÄDEN DURCH GESCHÄFTSWERTVERLUSTE, ARBEITSAUSFÄLLE, COMPUTERAUSFÄLLE ODER FUNKTIONSSTÖRUNGEN ODER JEGLICHE ANDERE SCHÄDEN ODER VERLUSTE, DIE DURCH ODER IM ZUSAMMENHANG MIT DER VERWENDUNG DES DOKUMENTS ODER EINER MODIFIZIERTEN VERSION DES DOKUMENTS ENTSTANDEN SIND, SELBST WENN DIESE PARTEI ÜBER MÖGLICHE SCHÄDEN INFORMIERT WORDEN SEIN SOLLTE, HAFTBAR GEMACHT WERDEN.

Zoltán
Kóta
Frédéric
Gobry
Pybliographer-Dokumentation
1999

Frédéric Gobry

Pybliographer-Handbuch V2.1
Januar 2004

Zoltán Kóta, Frédéric Gobry

Pybliographer-Handbuch V2.2
März 2004

Zoltán Kóta, Frédéric Gobry

Pybliographer-Handbuch V2.3
Juni 2004

Zoltán Kóta, Frédéric Gobry

Pybliographer-Handbuch V2.4
November 2004

Zoltán Kóta, Frédéric Gobry

Pybliographer-Handbuch V2.5
Februar 2005

Zoltán Kóta, Frédéric Gobry

Pybliographer-Handbuch V2.6
Oktober 2008

Zoltán Kóta, Frédéric Gobry

Pybliographer-Handbuch V2.7
August 2010

Zoltán Kóta, Frédéric Gobry

Dieses Handbuch beschreibt Version 1.2.14 von Pybliographer.

## Rückmeldungen

Um einen Fehler zu melden oder einen Vorschlag zu Pybliographer oder zu diesem Handbuch zu machen, folgen Sie bitte den Anweisungen auf der Hilfeseite zu Pybliographer.

## Vorbetrachtung

### Typografische Konventionen

In diesem Buch wurden einige Wörter mit typografischen Mitteln speziell markiert:

- Anwendungen

- In der Befehlszeile eingegebene `Befehle`.

- `Dateinamen`

- Ersetzbarer Text

- Beschriftungen für Knöpfe oder andere Elemente der grafischen Benutzeroberfläche

- Menüauswahlen sehen folgendermaßen aus: Menü Untermenü Menüeintrag

- Anklickbare Knöpfe

- `Sämtliche Benutzereingaben`

Wir stellen auch eine Auswahl zusätzlicher Informationen in Form von Tipps und Anmerkungen bereit.

#### Tipp

Tipps und weitere Informationen.

#### Anmerkung

Anmerkungen sehen so aus.

Warnungen ermahnen Sie zu erhöhter Vorsicht:

#### Beispiel für einen Warnhinweis

So sieht eine Warnung aus. Falls die Möglichkeit besteht, dass Probleme auftreten könnten, dann werden Sie vorher gewarnt.

### Zusätzliche Hilfequellen

Zusätzliche Informationen finden Sie auf der Pybliographer-Webseite. Dort gibt es auch eine Mailingliste, wo Sie Fragen stellen und Fehler melden können usw.

### Neuigkeiten in Pybliographer 1.2.14

Eine Liste beseitigter Fehler und hinzugekommener Funktionsmerkmale finden Sie in den Dateien `NEWS` und `ChangeLog` , die mit dem Paket mitgeliefert werden. Im Quellpaket von Pybliographer oder im Standard-Dokumentationsordner Ihrer Distribution (z.B. /usr/share/doc/pybliographer) sind diese Dateien zu finden.

## Erste Schritte mit Pybliographer

### Was ist Pybliographer?

Pybliographer ist ein Werkzeug für die Arbeit mit bibliografischen Datenbanken. Es stellt ein allgemeines Grundgerüst zur Bearbeitung dieser Datenbanken über eine einfache grafische Oberfläche bereit. Ebenso kann es mit Hilfe einer Skriptsprache erweitert werden, um vielerlei Aufgaben gerecht zu werden.

### Wie wird Pybliographer gestartet?

Sie können Pybliographer auf folgende Arten starten:

Grafischer Modus

  Um Pybliographer im grafischen Modus in einer Befehlszeile zu starten, geben Sie folgenden Befehl ein und drücken Sie die Eingabetaste:

  `pybliographic`

  Informationen über die grafische Schnittstelle finden Sie in .

Befehlszeilenmodus

  Sie können Pybliographer auch im Befehlszeilenmodus starten, indem Sie folgenden Befehl eingeben und die Eingabetaste drücken:

  `pybliographer`

  Informationen über die Befehlszeilenschnittstelle finden Sie in .

Aus dem GNOME-Menü

  Falls die Desktop-Datei des Pakets korrekt in Ihrem System installiert ist, dann finden Sie im GNOME-Menü einen Anwendungsstarter, um die grafische Benutzeroberfläche von Pybliographer zu starten.

Es ist möglich, die Umgebungsvariable PYBLIOGRAPHER_DATABASE auf eine erreichbare Bibliografiedatei zu setzen, um diese immer beim Start der Anwendung zu öffnen, fallskeine Dateien in der Befehlszeile angegeben werden. Beispiel:

        bash$export PYBLIOGRAPHER_DATABASE=meine/datenbank.bib
        bash$pybliographic

Dies entspricht

        bash$pybliographic meine/datenbank.bib

## Die grafische Benutzeroberfläche

Die grafische Benutzeroberfläche wird »pybliographic« genannt. Sie bietet einen einfachen Zugang zu den meistgenutzten Funktionen der zugrunde liegenden Engine »pybliographer« und ermöglicht Ihnen das Suchen, Sortieren und Ändern bibliografischer Einträge. Weiterhin ist das direkte Einfügen von Referenzen in Lyx und Kile möglich, direktes Abfragen von Medline und das Speichern ausgewählter Referenzen in anderen Formaten, falls möglich.

### Erstellen einer neue Datenbank

Wenn pybliographic geöffnet wird, können Sie unmittelbar mit dem Erstellen einer neuen Datenbank beginnen. Der Typ der Datenbank wird festgelegt, sobald Sie sie zum ersten Mal speichern.

Über den Menüeintrag Bearbeiten Hinzufügen oder direkt über den Werkzeugleistenknopf Hinzufügen können Sie einen neuen Eintrag hinzufügen. Alternativ klicken Sie mit der rechten Maustaste in das Listenfenster und wählen Sie Hinzufügen.

Weitere Informationen über die Verwendung des Hauptfensters finden Sie in .

### Öffnen einer Datenbank

Um eine vorhandene Datenbank zu öffnen, klicken Sie auf den Werkzeugleistenknopf Öffnen oder öffnen Sie das Menü Datei und wählen Sie Datei Öffnen.

#### Öffnen einer Datenbank

Zeigt das Fenster zum Öffnen von Dateien in Pybliographer.

Ein Dateiauswahldialog wird geöffnet (siehe ), in welchem Sie eine Datei auswählen können. Der Datenbanktyp kann ebenfalls ausgewählt werden. Beim Öffnen einer vorhandenen Datenbank können Sie den Datenbanktyp automatisch bestimmen lassen, wenn Sie Der Dateiendung entsprechend wählen.

Ebenso wie eine lokale Datei lässt sich auch eine Datei an einem entfernten Ort öffnen, indem Sie die Adresse der Datei (z.B. http://meine.seite/pyblio.bib) im Dialog Ort öffnen eingeben. Diesen Dialog erreichen Sie im Menü Datei Ort öffnen.

### Navigieren in den Einträgen

Sobald Sie eine Datenbank geöffnet oder mit dem Erstellen einer neuen Datenbank begonnen haben, wird im Hauptfenster (siehe ) eine Liste aller Einträge im oberen Teil angezeigt. Im Menü Einstellungen Einstellungen können Sie die hier anzuzeigenden Felder konfigurieren.

Zwei Typen von Feldkombinationen können angezeigt werden: -author/editor und -author/title-.

Durch Anklicken eines Eintrags wird dessen Inhalt vollständig im unteren Teil des Fensters angezeigt. Sie können auch die Pfeiltasten verwenden, um durch die obere Liste zu navigieren.

Falls ein Eintrag ein URL-Feld enthält, wird durch Anklicken des kleinen Knopfes neben der Adresse die entsprechende Anwendung zum Anzeigen des Zielobjekts geöffnet, beispielsweise ein PDF-Betrachter, wenn es sich um eine PDF-Datei handelt, oder ein Webbrowser für eine HTTP-Adresse. In wird beschrieben, wie Sie ein solches URL-Feld zu einem Eintrag hinzufügen können. Alternativ können Sie die Adresse über das Menü Ansicht Ressource oder das Ressource-Kontextmenü der Eintragsliste öffnen. Falls ein Eintrag einen oder mehrere anzeigbare Felder (wie URL) mit anzeigbaren Ressourcen enthält, wird dieser mit einem Symbol links neben dem Eintrag im oberen Teil des Hauptfensters markiert (siehe ).

Im Reiter »Ressource« des über Einstellungen Einstellungen zu öffnenden Fensters können Sie die anzeigbaren Felder und die Anwendungen zum Betrachten der Ressourcen konfigurieren.

Anklicken eines Eintrages, während Sie die Umschalttaste gedrückt halten, erweitert die Auswahl bis zum angeklickten Eintrag. Wenn Sie stattdessen die Strg-Taste gedrückt halten, wird der Status des angeklickten Eintrages auf »ausgewählt« beziehungsweise »nicht ausgewählt« umgeschaltet, ohne den Status der übrigen Einträge zu beeinflussen. Durch Kopieren und Einfügen oder Ziehen und Ablegen können Sie einen oder mehrere ausgewählte Einträge in ein neues Fenster oder eine neue Datenbank verschieben.

#### Das Hauptfenster

Zeigt das Hauptfenster von Pybliographer.

Durch einen Klick mit der rechten Maustaste wird ein Kontextmenü geöffnet. In diesem Menü ist Folgendes möglich:

- einen neuen Eintrag hinzufügen

- die aktuell ausgewählten Einträge bearbeiten

- die zum aktuell ausgewählten Eintrag gehörende Ressource betrachten

- die aktuell ausgewählten Einträge löschen

Beachten Sie, dass einige dieser Menüeinträge für eine bestimmte Datenbank oder einen bestimmten Eintrag nicht verfügbar sein könnten. Das zeigt an, dass die entsprechende Aktion nicht ausgeführt werden kann.

Durch Anklicken der Spaltenüberschriften in der Liste sortieren Sie die Einträge entsprechend dem korrespondierenden Feld.

### Suchen

Pybliographic verfügt über einen mächtigen Suchmechanismus. Dafür können Sie das Schnellsuchfeld in der Werkzeugleiste oder den Suchdialog verwenden. Um den Suchdialog zu öffnen, wählen Sie Bearbeiten Suchen. Im sich öffnenden Dialog (siehe ) wird ein Suchfeld im oberen Bereich angezeigt.

#### Der Suchdialog

Zeigt den Suchdialog von Pybliographer.

#### Einfache Suchvorgänge

Mit einer einfachen Suche können Sie das Feld auswählen, nach dem gesucht werden soll, sowie einen regulären Ausdruck als Suchbegriff angeben. - Alle Felder - bedeutet, dass alle vorhandenen Felder gesucht werden, was üblicherweise mehr Zeit erfordert.

#### Erweiterte Suchvorgänge

Eine erweiterte Suchanfrage ist ein Ausdruck, der etwa so aussieht:

    has('author','name') | -has('title','test')

Dieser Ausdruck bedeutet: Suche nach Einträgen, deren Feld author mit name übereinstimmt oder (Symbol |) wo das Feld title nicht test enthält. Das boolesche and wird als & notiert.

Es sind weitere Befehle für diesen Suchtyp verfügbar:

- `has_key(`keyname`)` sucht nach einem Schlüsselnamen.

- `has_type(`typename`)` sucht nach Einträgen des angegebenen Typs.

- `any_has(`value`)` sucht nach dem angegebenen Wert in allen Feldern eines Eintrags.

- `before(`field`, `year`, `month`, `day`)` sucht nach Einträgen, bei denen der Zeitstempel des Datumsfeldes älter ist als das angegebene Datum.

- `after(`field`, `year`, `month`, `day`)` sucht nach Einträgen, bei denen der Zeitstempel des Datumsfeldes jünger ist als das angegebene Datum.

#### Hierarchische Suchvorgänge

Nach einer Suche werden nur die ausgewählten Einträge im Hauptfenster angezeigt. Dadurch ist es auf bequeme Weise möglich, beispielsweise einen bestimmten Autor auszuwählen und dann nur dessen Veröffentlichungen zu durchsuchen.

Zusätzlich werden die Ergebnisse aller Suchvorgänge in einer Baumansicht unterhalb des Suchformulars bewahrt. Dadurch kann eine neue Suche zur Eingrenzung einer vorherigen Suche verwendet werden. Wenn Sie beispielsweise den Eintrag dieser Baumansicht zu allen Artikeln eines gewissen Nostradamus auswählen, dann können Sie anschließend nur diejenigen Titel auswählen, die das Wort »eclipse« enthalten.

Ein Klick mit der rechten Maustaste in dieser Baumansicht öffnet ein Kontextmenü, das Ihnen das Löschen nicht mehr benutzter Suchvorgänge ermöglicht.

Um wiederum die vollständige Liste der Datenbankeinträge anzeigen zu lassen, klicken Sie auf den Eintrag Gesamte Datenbank am oberen Ende des Suchbaums oder drücken Sie die »Esc«-Taste, sofern Sie sich im Hauptfenster befinden.

### Sortieren

Durch Anklicken der Überschriften der einzelnen Spalten im Hauptindex können Sie auf elementare Weise die Datenbank sortieren. Eine weitaus mächtigere Methode führt über den Sortierdialog, erreichbar über Bearbeiten Sortieren im Menü. Dieses Menü, wie in angezeigt, stellt eine Liste von Feldern bereit, die als Sortierkriterien dienen können, sowie eine Markierung, wie diese gegenwärtig verwendet werden. Durch Doppelklick auf einen Eintrag können Sie wählen, wie das Feld genutzt werden soll:

- Nichts bedeutet, dass das Feld nicht benutzt wird.

- Ein nach oben weisendes Dreiecksymbol zeigt an, dass die Sortierung in aufsteigender Reihenfolge geschieht.

- Ein auf der Spitze stehendes Dreiecksymbol zeigt an, dass die Sortierung in absteigender Reihenfolge geschieht.

Die Reihenfolge der Sortierung hängt von der Reihenfolge in der Liste ab. Um diese Reihenfolge zu ändern, ziehen Sie einfach einen Eintrag und legen ihn an der gewünschten Position ab. Um diese Reihenfolge als Vorgabe zu speichern, klicken Sie auf den Knopf Als Vorgabe setzen.

#### Der Sortierdialog

Zeigt den Sortierdialog von Pybliographer.

### Bearbeiten

#### Grundlegende Bearbeitung

##### Das Bearbeitungsfenster

Zeigt das Bearbeitungsfenster von Pybliographer.

Im Bearbeitungsfenster in sehen Sie rechts von jedem Feld ein Symbol, das angibt, ob Pybliographer alle in diesem Feld angegebenen Informationen korrekt verarbeiten konnte. Beispielsweise könnte ein BibTex-Feld einen unbekannten Befehl enthalten, der nicht korrekt dargestellt werden kann. In diesem Fall meldet Pybliographer einen Fehler und gibt durch ein rotes Symbol neben diesem Feld an, dass die richtige Erkennung nicht möglich war, während ein grünes Symbol erscheint, wenn keine Fehler auftreten.

Falls Sie einen solchen Eintrag bearbeiten, könnten enthaltene zusätzliche Informationen verloren gehen. Um dies zu vermeiden, sollten Sie die native Bearbeitung verwenden (siehe ).

Um die Einträge zu bearbeiten, geben Sie einfach den entsprechenden Text ein, wobei Sie das für die Datenbank verwendete Format in keiner Weise berücksichtigen müssen. Fügen Sie beispielsweise für BibTeX keine geschweiften Klammern ({) oder andere Sonderzeichen hinzu, um das Ergebnis zu beeinflussen, da diese vom System als Zitate formatiert werden. Für Felder, die Namen erfordern, wie »author« und »editor« verwenden Sie folgendes Format: Geben Sie einen Namen pro Zeile ein, in der Reihenfolge Nachname, Geburtsname, Vorname. Falls ein Autor- oder Editor-Feld zu viele Namen hat, können Sie am Schluss others setzen. Die Standard-Stilvorlagen von BibTex wandeln dies in et al um.

Zusätzlich zu den Standardfeldern können Sie mit dem Knopf Feld erstellen eigene Felder anlegen.

Sie können die obligatorischen und optionalen Felder für die verschiedenen Eintragstypen nach Ihren Wünschen anpassen. Beispielsweise können Sie durch die Zuordnung eines URL-Feldes zu einem bestimmten Eintragstyp einem Eintrag eine Adresse zuweisen, wie den Ort der PDF-Datei eines Artikels oder die Adresse einer Webseite, siehe . Weitere Informationen über die Zuordnung von Feldern finden Sie in .

##### Das Bearbeitungsfenster - Optional Felder

Zeigt optionale Felder mit einer Adresse.

Die folgenden Tastenkürzel sind während der Bearbeitung verfügbar, zusätzlich zu den Standard-Tastenkürzeln in GTK:

- Strg Tab springt zum nächsten Feld

- Umschalttaste Tab springt zum vorigen Feld

- Strg Eingabetaste wendet die Änderungen an

- Esc bricht die Bearbeitung ab

Um einen Querverweis zu einem anderen Eintrag anzugeben, ziehen Sie den Eintrag aus der Hauptliste in das Feld Referenz. Um einen Querverweis zu entfernen, ziehen Sie eine leere Auswahl in das Feld. Um alle Einträge abzuwählen, drücken Sie während des Anklickens des Eintrages die Strg-Taste.

#### Natives Bearbeiten

Für Datenbanken wie BibTex, die eine spezielle Syntax verwenden (native Syntax genannt), ist es möglich den Eintrag direkt in diesem Format zu bearbeiten. Klicken Sie auf den Knopf Native Bearbeitung im unteren Bereich des Fensters und geben Sie den Eintrag in dieser nativen Form ein.

Es ist ebenfalls möglich, im normalen Bearbeitungsfenster native Befehle einzugeben. Wenn sie beispielsweise spezielle LaTex-Befehle wie `\textbf` in einer Überschrift verwenden wollen, geben Sie diesen einfach in das Überschriftsfeld ein, wobei Sie dem Text ein @-Symbol als erstes Zeichen voranstellen. Nach dem Symbol müssen Sie sämtliche BibTex-Konventionen beachten, da diese nicht durch Pybliographer maskiert oder in einer sonstigen Weise verändert werden.

### Verwendung von pybliographic mit LyX

Es ist möglich, Pybliographer dazu zu verwenden, bibliografische Referenzen in LyX einzufügen. Das geschieht über den LyX-Server. Der Pfad zur Weiterleitung zum LyX-Server wird im Dialog Werkzeuge Einstellungen in LyX konfiguriert. In den Einstellungen von Pybliographer muss der gleiche Pfad angegeben werden. Der Vorgabewert dafür ist ~/.lyx/lyxpipe.

Weiterhin können Sie in Pybliographic einen oder mehrere Einträge auswählen und deren Referenzen direkt an eine laufende LyX-Instanz übergeben. Klicken Sie hierzu auf den Knopf Zitat in der Werkzeugleiste oder wählen Sie Zitat Zitat … im Menü.

Derzeit müssen Sie noch selbst sicherstellen, dass die eingegebenen Einträge zu der aktuell verwendeten Datenbank korrespondieren. Pybliographic bewältigt die Aufgabe der Erstellung einer Bibliografie noch nicht umfassend, daher ist es notwendig, dass Sie `bibtex` wie in der LyX-Dokumentation beschrieben verwenden.

Praktisch ebenso kann pybliographic mit Kile (>= 1.6) interagieren, da Kile auch lyx pipe lesen kann.

### Speichern ausgewählter Einträge in verschiedenen Formaten

Ausgewählte Einträge können in verschiedenen Formaten gespeichert werden. Wählen Sie hierzu Zitat Format … ().

#### Formatieren von Einträgen

Zeigt den Dialog zur Formatierung von Einträgen in Pybliographer.

Das Ergebnis ist eine nach einem bibliografischen Stil entsprechend formatierte Ausgabedatei, entweder in HTML, LaTex, Raw oder einfachem Text. Das Pybliographer-Paket liefert bereits einige bibliografische Stile mit, aber eigene Stile können Sie leicht selbst erstellen. Siehe auch .

### Suchen in PubMed

In Pybliographer können Sie eine Medline-Suche ausführen. Wählen Sie im Menü Datei Medline-Abfrage. Das daraufhin erscheinende Fenster sehen Sie in .

#### Medline-Abfrage

Zeigt den Medline-Suchdialog von Pybliographer.

Schreiben Sie das Schlüsselwort, nach dem Sie suchen wollen, in das Feld PubMed durchsuchen nach:. Wie in zu sehen, können Sie eine Reihe von Optionen (Einschränkungen) festlegen, um ein optimales Suchergebnis zu erzielen. Die Ergebnisse der Abfrage erscheinen im Hauptfenster als neue Datenbank.

### Konfiguration

Im Menü Einstellungen finden Sie folgende Optionen zum Anpassen von Pybliographer.

#### Konfiguration der Eintragstypen und Feldnamen

##### Konfiguration der Felder und Eintragstypen

Zeigt den Konfigurationsdialog der Eintragstypen und Feldnamen in Pybliographer.

Über den Menüeintrag Einstellungen Felder können Sie Felder hinzufügen oder entfernen, den Typ von Feldern ändern, sowie festlegen, welche Felder einem angegebenen Eintragstyp zugewiesen werden sollen. Außerdem können Sie die obligatorischen und optionalen Felder angeben. In sehen Sie als Beispiel die Zuordnung des Typs »Artikel« zu einem Eintrag.

#### Einstellungen

Über den Menüeintrag Einstellungen Einstellungen können Sie zahlreiche Optionen konfigurieren. Dazu gehören beispielsweise Einstellungen der verschiedenen Datenbankformate, die Größe der Bearbeitungschronik, der vorgegebene Bearbeitungsmodus, der vorgegebene Typ neu zu erstellender Einträge und die Konfiguration der Ressourcen.

## Die Befehlszeilenschnittstelle

Um Pybliographer im Befehlszeilenmodus zu starten, geben Sie folgenden Befehl ein:

      bash$ pybliographer
      Willkommen zu pybliographer, Version 1.2.12
      Copyright (C) 1998-2004 Frederic GOBRY
      Dies ist freie Software OHNE JEDE GARANTIE.
      Für Details, wählen Sie »warranty«.
      Nützliche Befehle:
             help     für Hilfe
             quit     zum Beenden

      >>

Um Hilfe zur Verwendung von Pybliographer in diesem Modus zu erhalten, geben Sie `help` an der Eingabeaufforderung von Pybliographer ein.

Das nächste Beispiel zeigt das Öffnen einer Datenbank und die Ausführung einer einfachen Suche. Beachten Sie die folgenden Befehle und deren Ausgabe:

      >> db = bibopen ("database.bib")
      >> iterator = search (db, 'author = Mantsch')
      >> ls (iterator)
      The Use and Misuse of FTIR Spectro  Jackson, Michael; Mantsc  [JM95            ]
      Phospholipid phase transitions in   Mantsch, H. H.; McElhane  [MM01            ]
      >>

So lassen Sie die gesamten mit dem Befehl `ls (iterator)` aufgelisteten Einträge an:

      >> more (iterator)
      Article [JM95]
      ----------------------------------------------------------------------
        Author         Jackson, Michael; Mantsch, Henry H.
        Title          The Use and Misuse of FTIR Spectroscopy in the
                       Determination of Protein Structure
        Journal        Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology
        Date           1995
        Volume         30
        Number         2
        Pages          95-120
        keywords       infrared spectroscopy; proteins; secondary structure;
                       quantitation
        comments       Review

      Article [MM01]
      ----------------------------------------------------------------------
        Author         Mantsch, H. H.; McElhaney, R. N.
        Title          Phospholipid phase transitions in model and biological
                       membranes as studied by infrared spectroscopy
        Journal        Chemistry and Physics of Lipids
        Date           1991
        Volume         57
      --More--

## Die Skriptsprache

Pybliographer besteht faktisch aus einer Reihe von in Python geschriebenen Klassen und Funktionen, die einen simplen und homogenen Zugriff auf bibliografische Datenbanken ermöglichen. Mit Hilfe eigener Python-Skripte ist es möglich, auf diese spezialisierten Funktionen zuzugreifen. Die grafische Benutzeroberfläche »pybliographic« ist an sich ein einfaches Skript, welches auf »pybliographer« aufsetzt.

Um ein für Pybliographer geschriebenes Skript auszuführen, rufen Sie Folgendes auf:

        bash$ pybliographer [--quiet]meinskript.py

Alternativ können Sie Ihr Skript mittels

          #!/pfad/zu/pybliographer

          ...Ihr Skript...

starten und es ausführbar machen.

### Vorhandene Skripte

Einige Skripte werden bereits mit Pybliographer mitgeliefert, sowohl einfache Beispiele als auch nutzbare Werkzeuge. Sie sind recht knapp gehalten und sollten mit etwas Basiswissen in python verständlich sein.

#### pybcheck

Dieses Werkzeug überprüft anhand einer Liste von Dateien oder Ordnern, ob diese korrekt sind (Syntax, keine Einträge mit dem gleichen Schlüssel usw.).

Die Ausgabe können Sie direkt in den »Compile buffer« von Emacs weiterleiten und somit direkt zu den entdeckten Fehlern springen. Geben Sie hierzu M-x compile ein, anschließend den Befehl `pybcheck `ihre_dateien`` und springen Sie mit der mittleren Maustaste direkt in die fehlerhafte Datei.

#### pybcompact

Dieses Werkzeug entpackt die in einem LaTex-Dokument enthaltenen Zitate und erstellt eine BibTex-Datei, welche diese enthält.

Üblicherweise werden Bibliografien in einer oder mehreren großen BibTeX-Dateien gespeichert und `bibtex` entpackt die in einem LaTeX-Dokument verwendeten Einträge. Gelegentlich ist es aber bequemer, ein Komplettpaket zu erstellen, um es beispielsweise an andere weiterzugeben oder zu speichern. Dieses Paket enthält dann auf das Wesentliche beschränkte minimalisierte BibTeX-Datei, welche exakt aus den in LaTeX verwendeten Einträgen besteht. Dieses Werkzeug tut genau das: Es liest eine LaTeX-Datei ein (`.aux`) und entpackt aus den angegebenen BibTex-Datenbanken die entsprechenden Einträge.

#### pybconvert

Dieses Werkzeug wandelt ein Pybliographer-Format in ein anderes um.

Die grundlegende Syntax ist erfreulich einfach. Um beispielsweise Refer in BibTex umzuwandeln, führen Sie Folgendes aus:

    	bash$pybconvert refer..bibtex toto.refer toto.bib

#### pybformat

Dieses Skript erstellt eine Bibliografie gemäß einem angegebenen Stil und gibt diese in einem spezifischen Format (wie HTML, LaTeX usw.) aus, so wie sie in einem Dokument erscheinen sollte.

Die grundlegende Form des Befehls lautet:

    	bash$pybformat [Optionen] Datenbank...

Dieser Befehl ohne Optionen verwendet den Stil namens alpha zur Erstellung einer Bibliografie im Textformat. Zur Erstellung dieser Dokumente stehen verschiedene Optionen zur Verfügung:

- `--style=... oder -s ...`: legt einen bibliografischen Stil fest. Dies kann ein vollständiger Pfad zu einer existierenden XML-Datei sein oder ein Name, nach dem an Standardorten gesucht wird. Vorgabe ist Alpha.

- `--format=... oder -f ...`: legt ein Ausgabeformat fest (HTML, LaTeX, Raw, Text, Textau, Textnum). Vorgabe ist Text. Textau und Textnum sind leicht angepasste Versionen von Text. Siehe für weitere Details.)

- `--output=... oder -o ...`: legt eine Namen für die Ausgabedatei fest. Vorgabe ist STDOUT.

- `--header=... oder -H ...`: legt eine Datei fest, die der Ausgabedatei vorangestellt wird.

- `--footer=... oder -F ...`: legt eine Datei fest, die der Ausgabedatei angehängt wird.

- `--list=output or -l output`: listet verfügbare Ausgabeformate auf

#### pybtex

Dieses Werkzeug sucht nach Zitaten in einem LaTeX-Dokument und erstellt eine LaTeX-Bibliografiedatei.

Dieses Werkzeug liest eine LaTex-Datei (`.aux`), entpackt die korrespondierenden Einträge aus den angegebenen BibTex-Datenbanken und erstellt wiederum eine LaTex-Datei (`.bbl`).

Der Befehl folgt der Form

    	bash$pybtex latexfile [bibtexfiles...]

#### pybtext

Dieses Werkzeug verarbeitet eine Textdatei, welche Zitate enthält und hängt eine Bibliografie gemäß einem angegebenen Stil an.

Das Skript sucht nach Zitaten wie [key] or [key1,key2...] in einer Textdatei. Beispiel: »Dies ist ein Textfragment mit durch Pybliographer eingefügten Zitaten [AKM95,MPJ+03]«. Zunächst wird anhand der in einer Textdatei gefundenen Schlüssel eine Referenzliste erzeugt. Mit Hilfe eines entsprechenden Stils (siehe unten) werden die Datenbankschlüssel im Textkörper durch die vom Stilmodul erzeugten neuen Schlüssel ersetzt. Zum Schluss wird die Referenzliste an den Text angehängt, wodurch eine neue Datei entsteht.

Die Schlüssel der ausgewählten Einträge können durch Kopieren und Einfügen oder Ziehen und Ablegen direkt aus Pybliographer in einen Texteditor oder in ein Terminalfenster kopiert werden.

Die grundlegende Form des Befehls lautet:

    	bash$pybtext [-o outputfile] [-s style] textfile bib-Dateien...

Dieser Befehl ohne Optionen verwendet den Stil namens Abbrev und `textfile.pyb` als Ausgabedatei der Verarbeitung. `textfile` ist der Name der zu verarbeitenden Datei und `bibfiles` bezeichnet eine oder mehrere bibliografische Datenbankdateien.

Es gibt drei verschiedeneStile, die für pybtext entworfen wurden. Durch abbrvbib werden Schlüssel generiert wie jene, die in der Datenbank definiert sind. Mit dem Stil abbrvau können Schlüssel des Typs »author-year« erzeugt werden, zum Beispiel »Jackson et al., 2004«. Mit abbrvnum erzeugt das Skript eine einfache nummerierte Liste. Für abbrvau und abbrvnum werden die Formate Textau bzw. Textnum benutzt. Es handelt sich dabei um einfache Anpassungen des Text-Formats, die für diese Stile optimiert sind. Durch die anderen Stile (Alpha, Abbrev or apa4e) wird der Textkörper selbst nicht verarbeitet, aber eine Referenzliste in einer zum verwendeten Stil korrespondierenden Form angehängt.

### Schreiben eigener Skripte

Um mit dem Schreiben Ihres eigenen Skripts zu beginnen, sollten Sie Folgendes lesen und außerdem einen Blick auf bereits vorhandene Skripte werfen. Ein Versuch, diese an Ihre persönlichen Erfordernisse anzupassen, könnte ein einfacher Weg sein, das auszuprobieren, was Sie lesen.

#### Einige Konzepte

Dieser Abschnitt beschreibt einige grundlegende Klassen und Ideen, die Ihnen das Verständnis dessen erleichtern sollen, wie Pybliographer funktioniert.

Im Folgenden beziehen sich alle Module auf die Pyblio-Domain. Um also auf das Open-Modul zuzugreifen, setzen Sie Folgendes an den Anfang Ihres Skripts:

    from Pyblio import Open

Das Base-Modul enthält einige der grundlegendsten in der Anwendung verwendeten Klassen:

- Base.Entry repräsentiert einen spezifischen bibliografischen Eintrag, mit allen seinen Feldern. Es verhält sich wie eine Hash-Tabelle, die auf die Angabe dessen Namens den Inhalt eines Feldes zurückgibt.

- Base.DataBase ist die Klasse, von der jeder Datenbanktyp die Eigenschaften erbt. Sie verhält sich wie eine Hash-Tabelle, die für einen gegebenen Base.Key einen Base.Entry zurückgibt.

Key.Key ist das Objekt, das einen Eintrag eindeutig identifiziert. Dieses Objekt muss in der gesamten Anwendung eindeutig sein und besteht aus einem Datenbankteil und einem Eintragsteil.

Ein Iterator ist ein Objekt, das eine Möglichkeit zum Zugriff auf eine Sequenz von geordneten Objekten bietet. Diese Iteratoren werden sehr häufig in Pybliographer verwendet, weil sie den zugrunde liegenden Zugriffsmechanismus verbergen, aber den gleichen Zugriff auf beliebige Datenbanken bieten. Sie sind auch perfekt zugeschnitten für die Implementierung transparenter Filterung und Sortierung von Einträgen: Die Selection.Selection-Klasse beispielsweise nimmt einen Iterator (z.B. in einer Datenbank) und gibt einen neuen zurück, der anhand eines Suchkriteriums nur eine Untermenge der Einträge iteriert.

## Anpassung

Das Konfigurationssystem basiert weitgehend auf dem Python-Modulsystem. Die Konfigurationsdateien sind Pybliographer-Standardskripte, also Python-Code, der zusätzlich die Klassen und Funktionen von Pybliographer nutzt. Als spezielles Funktionsmerkmal werden diese automatisch beim Start oder bei Bedarf eingelesen.

### Beteiligte Dateien

Die erste zu parsende Datei ist `${prefix}/share/pybliographer/pybrc.py`. Sie dient als Bootstrap für den allgemeinen Konfigurationsmechanismus und definiert:

- die verfügbaren Eingabe- und Ausgabeformate

- den Ort der Konfigurationsordner

Ein Konfigurationsordner enthält eine Liste von Dateien, die bei Bedarf eingelesen werden. Wenn beispielsweise eine Methode einige Konfigurationsdaten für das BibTex-Modul benötigt, wird die entsprechende Datei in diesen Ordner importiert.

Dieser Mechanismus erlaubt mehr Flexibilität zum Hinzufügen neuer Formate: Das neue Format kann mit einer Standardkonfiguration installiert werden, ohne die globale Konfigurationsdatei zu ändern. Außerdem importiert das Programm nur das, was wirklich nötig ist, wodurch wiederum die Startzeit verringert wird.

Falls im persönlichen Ordner des Benutzers eine Datei namens `.pybrc.py` existiert, dann wird diese Datei eingelesen. Natürlich kann auch ein privater Konfigurationsordner definiert werden und damit vorher erfolgte Definitionen überschrieben werden.

### Das `Config`-Modul

Alle konfigurierbaren Daten sollten vom sogenannten `Config`-Modul verarbeitet werden. Es stellt eine Standardschnittstelle zum Festlegen, Auslesen und Dokumentieren von Konfigurationseinträgen bereit.

## Erstellen neuer Stile

Durch eine einfache XML-Datei können Sie Ihren eigenen Bibliografiestil beschreiben. Die XML-Datei sollte den folgenden Kopf haben:

          <?xml version="1.0"?>

Die gesamte Beschreibung sollte innerhalb der <bibstyle>-Tags sehen, deren Inhalt in diesem Abschnitt kurz beschrieben wird. Interessierte Benutzer sollten sich die entsprechende DTD anschauen, welche die mögliche Syntax detailliert beschreibt. Diese DTD befindet sich im gleichen Ordner wie die Standard-Stildateien.

### Globale Formatierung

Die XML-Datei bschreibt, wie die beschriebenen Datenfelder angeordnet werden, um einen bibliografischen Stil zu bilden. Beispielsweise kann hier festgelegt werden, dass ein Artikel mit einer in Fettschrift erscheinenden Überschrift versehen wird, gefolgt von den Namen der Autoren usw.

Im gegenwärtigen Zustand kann das XML-Format keine Informationen auf niederer Ebene beschreiben, beispielsweise wie ein Name eines Autors ausgegeben werden. Dies wird durch eine Reihe von Python-Funktionen erledigt, die in einem Modul gruppiert sind. Folgendes Beispiel soll dies verdeutlichen:

      <module name="generic">
        <define field="author">full_authors</define>
        <define field="editor">first_last_full_authors</define>
        <define field="date">european_date</define>
        <define method="keys">string_keys</define>
      </module>

In diesem Beispiel setzen wir voraus, dass die author-Felder mit der `full_authors()`-Funktion formatiert werden, welche im `generic`-Modul enthalten ist.

Solch ein Modul muss in der Datei `pybrc.py` deklariert werden, durch eine Zeile wie:

    Autoload.preregister ('style','Generic','Pyblio.Style.Generic')

Die genaue Definition der Formatierungsfunktionen wird besser verständlich im Code von beispielsweise `Generic.py`.

### Definition der Bibliografie

Sobald die grundlegenden Formatierungsdefinitionen angegeben wurden, können Sie mit folgenden Tags die eigentliche Bibliografie beschreiben:

- <style name="`stylename`">

  Dieser Tag legt den aktuellen Anzeigestil fest, mit einem der Werte bold, italic, slanted, emph.

- <inentry name="`entryname`">

  Dieser Tag schließt einen Block ein, der nur in Einträgen des Typs `entryname` erscheint.

- <notinentry name="`entryname`">

  Dieser Tag schließt einen Block ein, der nur in Einträgen erscheint, die nicht vom Typ `entryname` sind.

- <infield name="`fieldname`">

  Dieser Tag schließt einen Block ein, der nur erscheint, wenn das Feld `fieldname` im aktuellen Eintrag existiert.

- <notinfield name="`fieldname`">

  Dieser Tag schließt einen Block ein, der nur erscheint, wenn das Feld `fieldname` im aktuellen Eintrag nicht existiert.

- <content name="`fieldname`"/>

  Dieser leere Tag wird durch den Inhalt des aktuellen Feldes ersetzt, wenn es in einem <infield>-Block liegt, oder den Inhalt des als Attribut angegebenen Feldes.

- <separator>

  Der Inhalt dieses Tags wird in einen leeren Inhalt aufgelöst, wenn kein weiterer Text angegeben wird. Es ist ein bequemer Weg, eine Trennung nach einer Reihe von Feldern einzufügen, ohne den Spezialfall nicht definierter Felder beachten zu müssen.

Die vorhandenen Stildateien sind eine gute Quelle für Beispiele.

### Zukunft des Formats

In der Zukunft wird dieses rudimentäre Format höchstwahrscheinlich durch einen XSL-basierten Mechanismus ersetzt, welcher die XML-Definition und die Python-Module beinhaltet. Dadurch werden unabhängige Stildateien bereitgestellt, die durch jeden XSL-Parser verarbeitet werden können.

## Autoren

Pybliographer wurde ursprünglich von Frédéric Gobry geschrieben. Vielen Dank an alle Mitwirkenden für ihre ertragreiche Arbeit.

Mitwirkende:

Yuri Bongiorno

  Dokumentation, Übersetzungen

Hervé Dréau

  Internationalisierung, Verbesserungen der grafischen Oberfläche

Frédéric Gobry

  Projektbetreuer, Anwendungskern, GNOME-Schnittstelle, Dokumentation

Zoltán Kóta

  Dokumentation, Paketerstellung, Code der grafischen Oberfläche

Travis Oliphant

  originaler Ovid-Parser

Darrell Rudmann

  APA Bearbeitungsstil 4

Peter Schulte-Stracke

  Anwendungsdesign, Erfordernisse der Dokumentation, Import und Code der grafischen Oberfläche

John Vu

  Parser für Medline-Datenbanken

Dank gebührt allen, die bei der Fehlererfassung und -verarbeitung mitgewirkt haben.

Vielen Dank auch den Übersetzern der Dokumentation sowie den GNOME-Übersetzungsteams.

Dieses Handbuch wurde mit Hilfe des GNOME-Dokumentationsprojekts geschrieben

Falls Sie trotz Ihrer Beiträge zu diesem Projekt hier nicht erwähnt wurden, informieren Sie bitte den Projektbetreuer, damit Ihr Name in dieser Liste erscheint.

Weitere Informationen finden Sie auf der Pybliographer-Webseite.