# Hierarchy For Package picard.sam.markduplicates.util

Package Hierarchies:

- All Packages

## Class Hierarchy

- java.lang.Object
  - picard.sam.markduplicates.util.AbstractMarkDuplicatesCommandLineProgram.SamHeaderAndIterator
  - picard.cmdline.CommandLineProgram
    - picard.sam.markduplicates.util.AbstractOpticalDuplicateFinderCommandLineProgram
      - picard.sam.markduplicates.util.AbstractMarkDuplicatesCommandLineProgram
  - picard.sam.markduplicates.util.DiskBasedReadEndsForMarkDuplicatesMap (implements picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap)
  - picard.sam.markduplicates.util.LibraryIdGenerator
  - picard.sam.markduplicates.util.MarkQueue
  - picard.sam.markduplicates.util.MemoryBasedReadEndsForMarkDuplicatesMap (implements picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap)
  - picard.sam.markduplicates.util.PhysicalLocationForMateCigarSet
  - picard.sam.util.PhysicalLocationInt (implements picard.sam.util.PhysicalLocation)
    - picard.sam.util.PhysicalLocationShort
      - picard.sam.markduplicates.util.PhysicalLocationForMateCigar
      - picard.sam.markduplicates.util.ReadEnds
        - picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicates (implements java.lang.Cloneable)
          - picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesWithBarcodes
        - picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMateCigar
  - picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
    - picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesWithBarcodesCodec
  - picard.sam.util.ReadNameParser (implements java.io.Serializable)
    - picard.sam.markduplicates.util.OpticalDuplicateFinder (implements java.io.Serializable)
  - picard.sam.markduplicates.util.RepresentativeReadIndexerCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
  - htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal
    - picard.sam.markduplicates.util.SamRecordWithOrdinalAndSetDuplicateReadFlag

## Interface Hierarchy

- picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap