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Here is a list of all documented functions with links to the class documentation for each member:

### - a -

- addElement() : IsoSpec::Iso
- advanceToNextConfiguration() : IsoSpec::IsoGenerator, IsoSpec::IsoLayeredGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoOrderedGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoStochasticGeneratorTemplate< IsoType >, IsoSpec::IsoThresholdGenerator

### - c -

- computeModeConf() : IsoSpec::Marginal
- count_confs() : IsoSpec::IsoThresholdGenerator

### - e -

- extend() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >

### - f -

- fastGetModeLProb() : IsoSpec::Marginal
- FromFASTA() : IsoSpec::Iso

### - g -

- get_conf() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::PrecalculatedMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- get_conf_signature() : IsoSpec::IsoGenerator, IsoSpec::IsoLayeredGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoOrderedGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoStochasticGeneratorTemplate< IsoType >, IsoSpec::IsoThresholdGenerator
- get_isotopeNo() : IsoSpec::Marginal
- get_lProb() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::PrecalculatedMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- get_lProbs_ptr() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::PrecalculatedMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- get_mass() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::PrecalculatedMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- get_masses_ptr() : IsoSpec::PrecalculatedMarginal
- get_max_mass() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- get_min_mass() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- get_no_confs() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::PrecalculatedMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- get_prob() : IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::PrecalculatedMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- getAllDim() : IsoSpec::Iso
- getAtomAverageMass() : IsoSpec::Marginal
- getDimNumber() : IsoSpec::Iso
- getHeaviestConfMass() : IsoSpec::Marginal
- getHeaviestPeakMass() : IsoSpec::Iso
- getLightestConfMass() : IsoSpec::Marginal
- getLightestPeakMass() : IsoSpec::Iso
- getLogSizeEstimate() : IsoSpec::Marginal
- getModeLProb() : IsoSpec::Iso, IsoSpec::LayeredMarginal, IsoSpec::Marginal, IsoSpec::MarginalTrek, IsoSpec::PrecalculatedMarginal, IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- getModeMass() : IsoSpec::Iso, IsoSpec::Marginal
- getMonoisotopicAtomIndex() : IsoSpec::Marginal
- getMonoisotopicConfMass() : IsoSpec::Marginal
- getMonoisotopicPeakMass() : IsoSpec::Iso
- getSmallestLProb() : IsoSpec::Marginal
- getTheoreticalAverageMass() : IsoSpec::Iso, IsoSpec::Marginal
- getUnlikeliestPeakLProb() : IsoSpec::Iso

### - i -

- inRange() : IsoSpec::PrecalculatedMarginal
- Iso() : IsoSpec::Iso
- IsoGenerator() : IsoSpec::IsoGenerator
- IsoOrderedGeneratorTemplate() : IsoSpec::IsoOrderedGeneratorTemplate< MarginalType >
- IsoThresholdGenerator() : IsoSpec::IsoThresholdGenerator

### - l -

- LayeredMarginal() : IsoSpec::LayeredMarginal
- lprob() : IsoSpec::IsoGenerator, IsoSpec::IsoLayeredGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoStochasticGeneratorTemplate< IsoType >, IsoSpec::IsoThresholdGenerator

### - m -

- Marginal() : IsoSpec::Marginal
- MarginalTrek() : IsoSpec::MarginalTrek
- mass() : IsoSpec::IsoGenerator, IsoSpec::IsoLayeredGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoStochasticGeneratorTemplate< IsoType >, IsoSpec::IsoThresholdGenerator

### - p -

- PrecalculatedMarginal() : IsoSpec::PrecalculatedMarginal
- prob() : IsoSpec::IsoGenerator, IsoSpec::IsoLayeredGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoStochasticGeneratorTemplate< IsoType >, IsoSpec::IsoThresholdGenerator
- probeConfigurationIdx() : IsoSpec::MarginalTrek

### - r -

- recalc() : IsoSpec::IsoLayeredGeneratorTemplate< MarginalType >
- reset() : IsoSpec::IsoThresholdGenerator

### - s -

- saveMarginalLogSizeEstimates() : IsoSpec::Iso
- SingleAtomMarginal() : IsoSpec::SingleAtomMarginal< add_guards >
- stddev() : IsoSpec::Iso

### - t -

- terminate_search() : IsoSpec::IsoLayeredGeneratorTemplate< MarginalType >, IsoSpec::IsoThresholdGenerator

### - u -

- unnormalized_logProb() : IsoSpec::Marginal

### - v -

- variance() : IsoSpec::Iso, IsoSpec::Marginal

### - ~ -

- ~Iso() : IsoSpec::Iso
- ~IsoGenerator() : IsoSpec::IsoGenerator
- ~IsoOrderedGeneratorTemplate() : IsoSpec::IsoOrderedGeneratorTemplate< MarginalType >
- ~Marginal() : IsoSpec::Marginal
- ~PrecalculatedMarginal() : IsoSpec::PrecalculatedMarginal