# Hierarchy For Package htsjdk.samtools.filter

Package Hierarchies:

- All Packages

## Class Hierarchy

- java.lang.Object
  - htsjdk.samtools.filter.AbstractJavascriptFilter<HEADER,TYPE>
    - htsjdk.samtools.filter.JavascriptSamRecordFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.FilteringSamIterator (implements htsjdk.samtools.util.CloseableIterator<T>)
    - htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator
  - htsjdk.samtools.filter.InsertSizeFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.IntervalKeepPairFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.InvertFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.MappingQualityFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.OverclippedReadFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
    - htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter
  - htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.TagFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)
  - htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter (implements htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter)

## Interface Hierarchy

- htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter