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Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

### - _ -

- _glasso_timer() : freecontact::_glasso_timer

### - a -

- af_vector() : freecontact::af_vector< _Tp >
- ali_t() : freecontact::ali_t
- alilen : freecontact::af_vector< _Tp >, freecontact::ali_t, freecontact::cov_vector< _Tp >, freecontact::ct_vector< _Tp >, freecontact::pf_vector
- alilen16 : freecontact::ali_t
- alilen_error() : freecontact::alilen_error
- alilenpad : freecontact::ali_t
- apply_gapth : freecontact::parset_t

### - c -

- clustpc : freecontact::parset_t
- cols : freecontact::d2matrix< _Tp, _Tri, _Tci >
- cont_res_t : freecontact::predictor
- contact_t() : freecontact::contact_t
- cov20 : freecontact::parset_t
- cov_vector() : freecontact::cov_vector< _Tp >
- ct_vector() : freecontact::ct_vector< _Tp >

### - d -

- d1 : freecontact::cov_vector< _Tp >, freecontact::pf_vector
- d2 : freecontact::pf_vector
- d2matrix() : freecontact::d2matrix< _Tp, _Tri, _Tci >
- d3 : freecontact::pf_vector
- dbg : freecontact::_glasso_timer, freecontact::predictor
- density : freecontact::parset_t

### - e -

- estimate_ivcov : freecontact::parset_t

### - f -

- freq_t : freecontact::predictor
- freq_vec_t : freecontact::predictor

### - g -

- gapth : freecontact::parset_t
- get_seq_weights() : freecontact::predictor

### - i -

- i : freecontact::contact_t
- icme_timeout_error() : freecontact::icme_timeout_error

### - j -

- j : freecontact::contact_t

### - m -

- mincontsep : freecontact::parset_t

### - o -

- operator()() : freecontact::_rawscore_calc_t, freecontact::af_vector< _Tp >, freecontact::ali_t, freecontact::cov_vector< _Tp >, freecontact::ct_vector< _Tp >, freecontact::d2matrix< _Tp, _Tri, _Tci >, freecontact::pf_vector
- operator<() : freecontact::contact_t
- operator>() : freecontact::contact_t

### - p -

- pairfreq_t : freecontact::predictor
- parset_t() : freecontact::parset_t
- pf_vector() : freecontact::pf_vector
- predictor() : freecontact::predictor
- pscnt_weight : freecontact::parset_t
- pseudocnt : freecontact::parset_t
- push() : freecontact::ali_t

### - q -

- q : freecontact::af_vector< _Tp >, freecontact::cov_vector< _Tp >, freecontact::pf_vector

### - r -

- read_a_seq() : freecontact::ali_t
- rho : freecontact::parset_t
- rows : freecontact::d2matrix< _Tp, _Tri, _Tci >
- run() : freecontact::predictor

### - s -

- score : freecontact::contact_t
- seqcnt : freecontact::ali_t
- shrink_lambda : freecontact::parset_t

### - t -

- time_res_t : freecontact::predictor

### - ~ -

- ~_glasso_timer() : freecontact::_glasso_timer
- ~ali_t() : freecontact::ali_t
- ~predictor() : freecontact::predictor