#!/bin/sh
set -e
set -x
# Test sxcript obtained from proteinortho (see bug #958090

TESTDIR=`mktemp -d`

# ./proteinortho6.pl -debug  -force -project=test_diamond -p=diamond test/*.faa -cpus=1 -verbose=2

# DONE: 0 Running: 1 -> 11
diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 1 Running: 0 -> 9
diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 2 Running: 0 -> 8
diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 3 Running: 0 -> 7
diamond blastp --ignore-warnings --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 4 Running: 0 -> 6
diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 5 Running: 0 -> 5
diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 6 Running: 0 -> 4
diamond blastp --ignore-warnings --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 7 Running: 0 -> 3
diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 8 Running: 0 -> 2
diamond blastp --ignore-warnings --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

# DONE: 9 Running: 0 -> 1
diamond blastp --ignore-warnings --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive
diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive

rm -rf $TESTDIR
