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No Matches
Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

### - a -

- ambiguity : CassieSearch

### - c -

- c : TreeNode
- CassieIndexer() : CassieIndexer
- CassieSearch() : CassieSearch

### - d -

- del : Match
- do_reduction : CassieIndexer

### - f -

- filltree() : CassieIndexer

### - g -

- getCharAtSuffix() : CassieIndexer
- getSuffix() : CassieIndexer
- getTree() : CassieIndexer
- graph() : CassieIndexer

### - i -

- in : Match
- index() : CassieIndexer
- index_loaded_from_file() : CassieIndexer
- isequal() : Ambiguous, CassieSearch

### - l -

- load() : CassieIndexer

### - m -

- match_limits : CassieSearch
- matches : CassieIndexer, CassieSearch
- max_depth : CassieIndexer
- max_indel : CassieSearch
- max_index_depth : CassieIndexer
- max_subst : CassieSearch
- mode : CassieSearch

### - n -

- next_length : TreeNode
- next_pos : TreeNode
- nmax : CassieSearch

### - o -

- operator==() : Match

### - p -

- positions : TreeNode

### - r -

- removeDuplicates() : CassieSearch

### - s -

- save() : CassieIndexer
- search() : CassieSearch
- sort() : CassieSearch
- subst : Match

### - t -

- transform_fasta() : CassiopeeUtils
- TreeNode() : TreeNode