Loading...
Searching...
No Matches
gpModel.h
Go to the documentation of this file.
// -*- Mode: C++; tab-width: 2; -*-
// vi: set ts=2:
//
//
#ifndef BALL_QSAR_GPMODEL_H
#define BALL_QSAR_GPMODEL_H
#ifndef BALL_QSAR_KERNELMODEL_H
#include <BALL/QSAR/kernelModel.h>
#endif
#ifndef BALL_QSAR_NONLINEARMODEL_H
#include <BALL/QSAR/nonlinearModel.h>
#endif
namespace BALL
{
namespace QSAR
{
class BALL_EXPORT GPModel : public KernelModel
{
public:
GPModel(const QSARData& q, int k_type, double p1, double p2=-1);
GPModel(const QSARData& q, Eigen::VectorXd& w);
GPModel(const QSARData& q, String s1, String s2);
GPModel(const QSARData& q, const LinearModel& lm, int column);
~GPModel();
EIGEN_MAKE_ALIGNED_OPERATOR_NEW
void train();
Eigen::VectorXd predict(const vector<double>& substance, bool transform=1);
double calculateStdErr();
void setParameters(vector<double>& v);
vector<double> getParameters() const;
private:
Eigen::MatrixXd L_;
Eigen::VectorXd input_;
Eigen::RowVectorXd K_t_;
double lambda_;
};
}
}
#endif // GPMODEL
BALL_EXPORT
#define BALL_EXPORT
Definition COMMON/global.h:50
BALL::QSAR::GPModel::train
void train()
BALL::QSAR::GPModel::GPModel
GPModel(const QSARData &q, Eigen::VectorXd &w)
BALL::QSAR::GPModel::setParameters
void setParameters(vector< double > &v)
BALL::QSAR::GPModel::GPModel
GPModel(const QSARData &q, String s1, String s2)
BALL::QSAR::GPModel::predict
Eigen::VectorXd predict(const vector< double > &substance, bool transform=1)
BALL::QSAR::GPModel::GPModel
GPModel(const QSARData &q, const LinearModel &lm, int column)
BALL::QSAR::GPModel::calculateStdErr
double calculateStdErr()
BALL::QSAR::GPModel::GPModel
GPModel(const QSARData &q, int k_type, double p1, double p2=-1)
BALL::QSAR::GPModel::getParameters
vector< double > getParameters() const
BALL::QSAR::GPModel::~GPModel
~GPModel()
BALL::QSAR::KernelModel::KernelModel
KernelModel(const QSARData &q, int k_type, double p1, double p2)
BALL::QSAR::LinearModel
Definition linearModel.h:18
BALL::QSAR::QSARData
Definition QSARData.h:56
BALL::String
Definition string.h:57
kernelModel.h
BALL::QSAR
Definition allModel.h:17
BALL
Definition constants.h:13
nonlinearModel.h