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allModel.h
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// -*- Mode: C++; tab-width: 2; -*-
// vi: set ts=2:
//
//
#ifndef BALL_QSAR_ALLMODEL_H
#define BALL_QSAR_ALLMODEL_H
#ifndef BALL_QSAR_NONLINEARMODEL_H
#include <BALL/QSAR/nonlinearModel.h>
#endif
namespace BALL
{
namespace QSAR
{
class BALL_EXPORT ALLModel : public NonLinearModel
{
public:
ALLModel(const QSARData& q, double kw=4);
~ALLModel();
void setKw(double kw);
virtual Eigen::VectorXd predict(const vector<double>& substance, bool transform=1);
void train(){};
virtual bool optimizeParameters(int d, int no_steps);
double getKw();
virtual void setParameters(vector<double>& v);
virtual vector<double> getParameters() const;
void saveToFile(string filename);
void readFromFile(string filename);
protected:
virtual void calculateWeights(Eigen::MatrixXd& dist, Eigen::VectorXd& w);
void calculateXX(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
void calculateXY(Eigen::VectorXd& w, Eigen::MatrixXd& res);
void calculateEuclDistanceMatrix(Eigen::MatrixXd& m1, Eigen::MatrixXd& m2, Eigen::MatrixXd& output);
double kw_;
double lambda_;
};
}
}
#endif // ALLMODEL
BALL_EXPORT
#define BALL_EXPORT
Definition COMMON/global.h:50
BALL::QSAR::ALLModel::calculateXY
void calculateXY(Eigen::VectorXd &w, Eigen::MatrixXd &res)
BALL::QSAR::ALLModel::calculateWeights
virtual void calculateWeights(Eigen::MatrixXd &dist, Eigen::VectorXd &w)
BALL::QSAR::ALLModel::setParameters
virtual void setParameters(vector< double > &v)
BALL::QSAR::ALLModel::getParameters
virtual vector< double > getParameters() const
BALL::QSAR::ALLModel::predict
virtual Eigen::VectorXd predict(const vector< double > &substance, bool transform=1)
BALL::QSAR::ALLModel::ALLModel
ALLModel(const QSARData &q, double kw=4)
BALL::QSAR::ALLModel::~ALLModel
~ALLModel()
BALL::QSAR::ALLModel::readFromFile
void readFromFile(string filename)
BALL::QSAR::ALLModel::getKw
double getKw()
BALL::QSAR::ALLModel::calculateXX
void calculateXX(Eigen::VectorXd &w, Eigen::MatrixXd &res)
BALL::QSAR::ALLModel::train
void train()
Definition allModel.h:39
BALL::QSAR::ALLModel::setKw
void setKw(double kw)
BALL::QSAR::ALLModel::lambda_
double lambda_
Definition allModel.h:80
BALL::QSAR::ALLModel::kw_
double kw_
Definition allModel.h:79
BALL::QSAR::ALLModel::saveToFile
void saveToFile(string filename)
BALL::QSAR::ALLModel::calculateEuclDistanceMatrix
void calculateEuclDistanceMatrix(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
BALL::QSAR::ALLModel::optimizeParameters
virtual bool optimizeParameters(int d, int no_steps)
BALL::QSAR::NonLinearModel::NonLinearModel
NonLinearModel(const QSARData &q)
BALL::QSAR::QSARData
Definition QSARData.h:56
BALL::QSAR
Definition allModel.h:17
BALL
Definition constants.h:13
nonlinearModel.h